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正值立法院審查政府年度預算，不少政策財源引發爭議。行政院長江宜樺在行政院院會針對衛福部規畫疫苗基金經費來源時，語帶保留指出，以菸捐源挹注疫苗基金恐在未來有無以為繼的隱憂，在野立委也擔憂外界提出「什麼都捐？吸菸救政策？」的質疑。

菸捐政策性目標在於以價制量，希望藉由提高菸價降低吸菸率，菸捐收入逐年降低，才代表政策目標達成。但衛福部一再推動將長照、不孕症治療、疫苗等政策全納入菸捐分配項目，因此江宜樺裁示相關單位應更加審慎。也就是主管機關不應依賴菸捐專款專用，任意擴大挹注比例及增加項目，以免未來面臨財源不穩的風險。

台聯立委許忠信舉行記者會，批評本應由公務預算編列的中低收入戶健保補助、醫療資源缺乏地區補助、經濟困難保險補助等，明明和菸害防制無關，卻全要菸捐埋單。

許忠信指出，從2002年開徵菸捐迄今已超過2500億元，分配運用只要行政機關透過行政規則就可調整，變成無所不捐，已嚴重違反專款專用規定，作法不妥。

若以價制量的菸價政策收到成效，預期菸捐會逐年減少，但細數各界近期提出的政策支票，從行政院提案調漲菸捐後，已經有包含12年國教全面免學費、新生兒福利育嬰寶盒、孕婦產檢等項目，皆指名要由菸捐作為財源。

部分菸捐支出法制化，例如傳染病防治法規定，為推動兒童及國民預防接種政策，應設置基金辦理疫苗採購及預防接種工作，基金來源就有菸品健康福利捐。現正於立法院審議的醫療糾紛處理及醫療事故補償法，也預計將菸捐財源明列在條文中。

台灣大學經濟系教授林向愷認為，菸捐似乎成為政府部門的私房錢，只要缺錢，就打菸捐的腦筋。這也凸顯專款專用的制度設計，已經成為眾人覬覦的小金庫，形成以菸害防制為名義的道德訴求下，可能隱藏的菸捐大幅調漲動機。